Questo accorgimento permette di evitare che gli inquinanti gassosi e particellari presenti nell'atmosfera raggiungano l'interno della Cappella ed è ottenuta tramite tre compartimenti (ingresso, zona filtro e uscita) comunicanti mediante porte servocomandate. L'impianto di condizionamento - oltre a mantenere le condizioni di temperatura e umidità relativa stabilite in funzione delle esigenze di conservazione dei dipinti murali - è provvisto di speciali filtri per la rimozione degli inquinanti presenti. L'intervento è stato completato con la realizzazione dell'impianto di ventilazione meccanica della Cappella degli Scrovegni che consente di controllare i ricambi d'aria dell'ambiente e di mantenerlo in sovrappressione per evitare l'ingresso di aria esterna.

L'adozione di questo impianto si è resa necessaria in seguito agli studi eseguiti dal gruppo di lavoro del Dipartimento di Fisica Tecnica dell'Università di Padova, diretto dal prof. Bonacina, che hanno dimostrato l'insufficienza della ventilazione naturale e stabilito i limiti di quella meccanica per evitare di turbare l'inviluppo climatico delle superfici dipinte.
Da quest'ultima valutazione deriva la necessità di limitare la visita a un numero massimo di 25 visitatori presenti contemporaneamente nella sede, per ridurre il numero dei ricambi d'aria richiesti e contenere quindi la portata dell'aria di rinnovo. L'elemento visibile dell'impianto è costituito dalla pedana di distribuzione dell'aria che permette l'immissione dell'aria trattata ai lati del percorso dei visitatori, senza modificare il campo di moto dell'aria in prossimità delle pareti.